清朝為五世達賴在北京修建的駐錫地——黃寺

固始汗控制西藏以后，和格魯派聯(lián)合建立了甘丹頗章政權(quán)，在這個政權(quán)中，固始汗自己作為甘、青、康及衛(wèi)藏地區(qū)的汗王，成為全藏族地區(qū)的統(tǒng)治者。他派遣了八個兒子率部駐扎青海，建立了以他為領(lǐng)袖的和碩特部根據(jù)地。命令以所征康區(qū)賦稅供給青海部眾，將衛(wèi)藏賦稅供養(yǎng)達賴、班禪，使格魯派寺院在經(jīng)濟上得到實惠。他本人及兩個兒子則長期擁兵坐鎮(zhèn)拉薩，在拉薩以北的達木地區(qū)（今當(dāng)雄）駐扎重兵，起震懾保護作用，從而在全藏區(qū)形成了蒙古汗王統(tǒng)治的局面。在甘丹頗章政權(quán)內(nèi)，西藏地方的高級行政官吏和世俗貴族由固始汗任命封賜，其中官職最重要的就是第巴。至于衛(wèi)藏地區(qū)的行政命令，必須經(jīng)由固始汗蓋印、發(fā)布執(zhí)行，第巴只是副署蓋印而已。

蒙古和碩特部首領(lǐng)、受清朝冊封的固始汗畫像（布達拉宮壁畫）

固始汗看到明朝氣數(shù)已盡，在東北興起的后金有統(tǒng)一天下的可能，所以他也積極尋求政治靠山，在占領(lǐng)青海之初，就遣使到盛京（今沈陽）朝見皇太極，開始了和后金的交往。還在入據(jù)西藏以前，他就與五世達賴喇嘛和班禪四世等商議，并由四世班禪出面，爭取到第悉藏巴等政教首領(lǐng)參加，聯(lián)合派出了以伊拉古克三為首的代表團前往盛京。1642年，代表團一行始到盛京，皇太極出城親迎，“率眾拜天，行三跪九叩之禮”，表明了后金對爭取蒙藏各部的重視。皇太極對代表團給予了優(yōu)厚賞賜。次年，皇太極遣使隨同伊拉古克三一行赴藏，分別致函賞賜固始汗、達賴、班禪及第悉藏巴等其它政教首領(lǐng)，

1644年（順治元年），清朝定都北京后，與西藏地方的聯(lián)系更加頻繁。翌年，固始汗派其子多爾濟達賴巴圖爾臺吉到北京，上書順治帝，表示對清政府的諭旨“無不奉命”。他還與五世達賴喇嘛共同遣使清朝“表貢方物”，受到清朝的賞賜。自此之后，蒙古和碩特部汗王與西藏地方宗教首領(lǐng)幾乎年年必遣使蒞京，通貢不絕，清朝也厚給回賜。為了進一步加強同中央政權(quán)的政治聯(lián)系，固始汗還上書清朝，說“達賴喇嘛功德甚大，請延至京師，令其諷誦經(jīng)文，以資福佑?！?同時他又積極鼓動勸說五世達賴喇嘛接受清朝的邀請。1652年（順治九年）達賴喇嘛帶領(lǐng)大批隨從起程，當(dāng)年年底到達北京，順治帝在北京南苑以狩獵的形式，不拘禮節(jié)地迎接會見了他，“賜坐，賜宴，待以殊禮”。另外還賞給金、銀、大緞、珠寶、玉器等大量禮品。五世達賴喇嘛進呈了珊瑚、琥珀、青金石念珠、氆氌、馬匹、羔皮等千件貢禮。達賴喇嘛留京兩個月期間，應(yīng)邀兩次進皇宮參加了順治帝專門為之舉行的盛大國宴，還參加了一些滿族親王、蒙古汗王舉行的宴會，先后進行了一系列的佛事活動。其中為專程自大漠南北、山西五臺山趕到北京的蒙古科爾沁秉圖王及漢族僧侶，為御前侍衛(wèi)拉瑪，為成百數(shù)千人講經(jīng)傳授各種法戒，撰寫啟請、發(fā)愿、贊頌及祭祀析愿文等等，所接受的禮金、各類禮品、法器以及社會各階層饋贈的不可勝數(shù)。清朝在北京專門修建了黃寺，供他住宿。1653年初，在達賴喇嘛返藏途中，順治帝派官員趕到代噶（今內(nèi)蒙涼城），賜給五世達賴喇嘛金冊金印，封他為“西天大善自在佛所領(lǐng)天下釋教普通瓦赤喇恒喇達賴喇嘛”。自此，清中央政府正式確認了達賴喇嘛在蒙藏地區(qū)的宗教領(lǐng)袖地位，歷輩達賴喇嘛經(jīng)過中央政府的冊封遂成為制度。清政府在冊封五世達賴喇嘛的同時，又派大臣和五世達賴喇嘛一起去西藏，給固始汗賚送以漢、滿、藏三體文字寫成的金冊金印，封固始汗為“遵行文義敏慧顧實汗”，承認他的統(tǒng)治藏族地區(qū)的汗王的地位。清朝的支持對新建立的甘丹頗章政權(quán)的鞏固起了重要的作用。

五世達賴喇嘛羅桑嘉措（銀象）

五世達賴赴京覲見清朝皇帝圖（布達拉宮壁畫）

哲蚌寺的噶丹頗章是五世達賴喇嘛在拉薩建立“噶丹頗章政權(quán)”的所在地

1654年固始汗去世，諸子爭位，相持不下，汗位空懸四年之久，最后妥協(xié)解決，由達什巴圖爾主持青海各部，達延汗主持西藏政務(wù)。然而他們?nèi)狈ζ溟L輩的威望和才能，而五世達賴喇嘛憑倚朝廷的支持，權(quán)力及威望日益增強。1658年固始汗任命的第巴索南饒丹去世，經(jīng)過兩年的協(xié)商，最終由五世達賴喇嘛任命他的親信仲麥巴赤列嘉措出任第巴，任命第巴的權(quán)力從蒙古汗王轉(zhuǎn)移到達賴喇嘛的手中。1662年四世班禪大師洛桑曲吉堅贊去世，西藏的政教權(quán)力進一步向達賴喇嘛集中，但是在軍事上格魯派仍然要依靠和碩特部的保護。1668年達延汗去世，汗位又空懸了三年，1671年才由達賴汗繼位。五世達賴喇嘛在后期扶植仲麥巴赤列嘉措的侄子桑結(jié)嘉措掌權(quán)。1676年五世達賴喇嘛提名當(dāng)時年僅24歲的桑結(jié)嘉措出任第巴，因時機尚未成熟，桑結(jié)嘉措謝絕這一任命，由達賴喇嘛的卻本洛桑金巴擔(dān)任，說好三年后讓位。1679年達賴喇嘛再次提名，桑結(jié)嘉措正式就任第巴職務(wù)。1682年五世達賴喇嘛去世，桑結(jié)嘉措為保持自己的地位，穩(wěn)定局勢，以五世達賴喇嘛臨終做出了安排和與拉達克的戰(zhàn)爭正在進行為由，和少數(shù)親信決定秘不發(fā)喪，“偽言達賴入定，居高閣不見人，凡事傳達賴之命行之”，繼續(xù)以五世達賴喇嘛的名義掌政。桑結(jié)嘉措看到，必須依靠清朝中央政府的支持和敕封，自己才能名正言順地統(tǒng)治西藏，因此他極力設(shè)法向清朝請求敕封，1694年（康熙三十三年），他借五世達賴喇嘛的名義，上奏朝廷說：“臣已年邁，國事大半第巴主之，乞請皇上給印封之，以為光寵?！笨滴醯劢?jīng)過反復(fù)考慮，最后封給桑結(jié)嘉措“法王”稱號，同時賜給“掌瓦赤喇但喇達賴喇嘛教弘宣佛法王布忒達阿白迪之印”。為了防止自己的權(quán)力被和碩特汗剝奪，桑結(jié)嘉措還與新疆的準噶爾部首領(lǐng)噶爾丹接納關(guān)系，利用準噶爾部和和碩特部的矛盾，牽制和碩特汗。在噶爾丹和清朝的斗爭中，桑結(jié)嘉措用五世達賴喇嘛的名義為噶爾丹說話，遭到康熙皇帝的申斥。桑結(jié)嘉措還違反格魯派尋訪達賴喇嘛的轉(zhuǎn)世靈童的慣例，一手包辦五世達賴喇嘛的轉(zhuǎn)世靈童的尋訪認定，于1685年秘密地選定在門域出生的倉央嘉措為五世達賴喇嘛的轉(zhuǎn)世。直到1694年清朝打敗噶爾丹，從準噶爾降人口中聽到五世達賴喇嘛早已圓寂的消息，嚴辭責(zé)問，桑結(jié)嘉措才向清朝報告五世達賴喇嘛圓寂多年，其轉(zhuǎn)世已經(jīng)認定。在經(jīng)過清朝同意后，1697年將倉央嘉措接到后藏浪卡子宗，由五世班禪為其剃度授戒，隨后迎接到布達拉宮坐床。

描繪清帝對五世達賴及其隨行人員的貢賞圖（布達拉宮壁畫）

五世達賴喇嘛去世后，西藏的蒙藏統(tǒng)治集團的矛盾一直在逐漸加深，桑結(jié)嘉措依靠政治權(quán)謀和手腕來保持和鞏固自己的地位，無助于問題的解決，在清朝和準噶爾部的斗爭中，桑結(jié)嘉措逆歷史潮流而動，錯誤地支持準噶爾部的噶爾丹，與清朝也有矛盾。1701年達賴汗去世，拉藏汗繼位。自拉藏汗上臺后，桑結(jié)嘉措與他的關(guān)系很快就緊張起來。1703年，雙方的部下在拉薩爭斗，經(jīng)三大寺高僧調(diào)解，矛盾暫時得到緩和。桑結(jié)嘉措辭去第巴之職，由他的兒子卓薩繼任，拉藏汗到當(dāng)雄居住。但這種妥協(xié)很難維持長久，1705年第巴?桑結(jié)嘉措集結(jié)各地兵力到拉薩，與拉藏汗再次爆發(fā)了武裝沖突，拉藏汗從當(dāng)雄兵分三路反攻，在澎波決戰(zhàn)，桑結(jié)嘉措兵敗后被擒殺。拉藏汗進入拉薩后，隨即派人到朝廷，報告事變的經(jīng)過，并奏稱倉央嘉措是假達賴喇嘛，平日耽于酒色，不守清規(guī)，請予以廢黜?？滴趸实壅J可了拉藏汗的行動，派護軍統(tǒng)領(lǐng)席柱、學(xué)士舒蘭為使，到西藏封拉藏汗為“翊法恭順汗”。同時下令“拘假達賴喇嘛”及桑結(jié)嘉措妻、子解京。倉央嘉措在解往北京的途中，“行至西寧口外病故”，年僅二十四歲。拉藏汗另找了一個格魯派僧人意希嘉措，立為達賴喇嘛，清朝在派人帶領(lǐng)青海蒙古諸臺吉的代表進藏詢問五世班禪后，于1707年批準意希嘉措為六世達賴喇嘛，1709年派人進藏冊封，并賜給金印，由五世班禪主持，在布達拉宮舉行坐床。

清帝給五世班禪額爾德尼?羅桑益西的詔書

清帝敕封五世班禪“班禪額爾德尼之寶”印

但是，拉藏汗廢立達賴喇嘛的舉措?yún)s引發(fā)了新的矛盾。三大寺的一些僧人和在青海的和碩特部的部分不滿拉藏汗的貴族首領(lǐng)不愿承認意希嘉措，把倉央嘉措的一首著名詩歌“天空潔白的仙鶴，請它雙翅借給我，不會遠走高飛，到理塘轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)就回”作為預(yù)言，秘密地派人到康區(qū)理塘尋訪，終于找到了1708年出生的格桑嘉措，作為倉央嘉措的轉(zhuǎn)世，轉(zhuǎn)移至康區(qū)北部的德格地方加以保護。清朝對此難以處理，下令將格桑嘉措送到塔爾寺居住。拉藏汗和青海蒙古首領(lǐng)的不和，引起康熙皇帝的擔(dān)憂，于1709年又派遣了侍郎赫壽到西藏“協(xié)同拉藏辦理西藏事務(wù)”。西藏的這種混亂的政治局勢果然被準噶爾部的策妄阿拉布坦所利用，他先是將女兒嫁給拉藏汗的兒子，以聯(lián)姻迷惑拉藏汗，然后在1717年以護送女兒、女婿的名義選派精兵長途奔襲，突擊西藏。同時還派遣一小股軍隊去塔爾寺，企圖劫持格桑嘉措，以號召人心。當(dāng)準噶爾軍到達藏北草原時，拉藏汗才發(fā)現(xiàn)形勢不對，匆忙召集人馬抵御。盡管準噶爾派去塔爾寺的軍隊被清軍擊潰，但是到藏北的準噶爾軍仍宣傳他們已經(jīng)接到了真正的達賴喇嘛，將送到拉薩來，以此渙散拉藏汗的軍心。拉藏汗在戰(zhàn)爭勝敗難定的情況下，就倉促撤回拉薩城，想堅守拉薩，等待清朝派兵救援。但是準噶爾軍得到那些不滿拉藏汗的僧俗人眾的配合，拉薩城很快被攻破，拉藏汗逃進布達拉宮，不久在突圍時被殺死。準噶爾軍廢黜意希嘉措，自己委派官員，向僧俗勒索財物，對不服從的寺院和地方則派兵燒殺搶劫，使曲科杰寺、敏珠林寺等著名寺院遭到嚴重破壞。一些原來對準噶爾軍抱有期望的人也大失所望。清朝在1718年派西安將軍額倉特率兵數(shù)千進藏，因情況不明，準備不足，在藏北草原被準噶爾軍圍困，糧食斷絕，全軍覆沒。消息傳來，清朝朝野震動，康熙皇帝看到如果任由西藏被準噶爾軍占據(jù)，西南、西北各省都不得安寧，力排眾議，在1720年再次出兵，以皇十四子允題為大將軍，指揮清軍和青海蒙古首領(lǐng)的軍隊一起進藏，驅(qū)除準噶爾軍，同時承認格桑嘉措，封格桑嘉措為“弘法覺眾第六世達賴喇嘛”，并護送格桑嘉措到拉薩坐床。這時拉藏汗的舊部康濟鼐和頗羅鼐等人也在后藏起兵，占據(jù)阿里和后藏的一些地方，截斷在西藏的準噶爾軍和新疆的聯(lián)系，前藏的貴族阿爾布巴、扎爾鼐等人積極和清軍聯(lián)系，配合清軍進兵。準噶爾軍在清軍大兵壓境的情況下，稍作抵抗后就倉皇逃跑，出兵時的七千精兵，逃回準噶爾的不到一千人。

頗羅鼐像（色拉寺壁畫）

以及頗羅鼐郡王之印

清朝在驅(qū)除準噶爾軍以后，沒有讓青海蒙古首領(lǐng)統(tǒng)治西藏，而是建立了清朝對西藏的直接統(tǒng)治，從西藏貴族中任命幾名噶倫掌政，以康濟鼐為總理西藏政務(wù)的噶倫。但是掌政的噶倫之間很快就發(fā)生矛盾，1727年，噶倫阿爾布巴、隆布鼐、扎爾鼐等人為爭權(quán)奪利，煽起內(nèi)訌，戕殺康濟鼐，并派人去后藏捉拿頗羅鼐。頗羅鼐聞訊，立即意識到這是背離中央政府旨意的一次陰謀。于是在火速奏報朝廷的同時，毅然再次于后藏起兵，聯(lián)合康濟鼐之兄阿里總管噶西鼐等，率后藏及阿里精兵數(shù)千人，向阿爾布巴等人宣戰(zhàn)。雙方在江孜交戰(zhàn)半年多，頗羅鼐攻入拉薩，在三大寺僧眾的幫助下，擒獲了阿爾布巴等人，奏請清廷處置。此時清朝派遣的大軍抵達拉薩，經(jīng)共同審核事實，將阿爾布巴等人處斬。清廷肯定了頗羅鼐的功績，封他為貝子，任命他為首席噶倫，后來又晉封為郡王，由他領(lǐng)導(dǎo)西藏地方的行政。頗羅鼐之下清朝還任命噶西巴?納木扎勒色布騰和策仁旺杰兩位噶倫，但地方大權(quán)由頗羅鼐一人總攬。為防止準噶爾軍再次侵擾和西藏統(tǒng)治集團的內(nèi)爭，1728年雍正皇帝下令把七世達賴喇嘛移到四川泰寧的惠遠廟居住，還命七世達賴喇嘛之父索南達結(jié)進京，封他為“輔國公”，以防止他干預(yù)藏政，這是達賴喇嘛的親屬受中央封以爵位的開始。直到1735年準噶爾部的威脅解除，雍正皇帝派副都統(tǒng)福壽和章嘉國師若必多吉護送達賴喇嘛返回拉薩。清朝還于1727年設(shè)立駐藏大臣，在拉薩設(shè)立了駐藏辦事大臣衙門，直接監(jiān)督地方政權(quán)，留駐藏清軍二千人，歸駐藏大臣指揮。通常駐藏大臣為兩人，一為辦事大臣，一為幫辦大臣，一方面可以商議辦事，另一方面分別替換，始終保持有一個比較熟悉情況的大臣住在西藏。另外清朝還劃定了西藏和青海、四川、云南的地界，確定西藏的行政范圍。

清帝封賜七世達賴喇嘛的金印

七世達賴喇嘛格桑嘉措塑像（布達拉宮藏）

頗羅鼐為醫(yī)治戰(zhàn)爭創(chuàng)傷，安定社會秩序，解決生產(chǎn)凋敝、民不聊生、經(jīng)濟拮據(jù)的困窘，增強地方自身的防御作戰(zhàn)能力等，做了許多有益的事情。頗羅鼐在清朝駐藏軍隊的指導(dǎo)下，在拉薩北郊興建了扎什兵營，分期操練了由騎兵一萬人、步兵一萬五千人組成的藏軍。自此，西藏有了一支兵械較齊備，且訓(xùn)練有素的軍隊，于西藏通往準部各條道路上“嚴設(shè)卡倫，準噶爾自是不敢窺藏”，維護了西藏邊境之安寧。他還整頓驛站，保證政令文書的傳遞。他按照乾隆皇帝的安排接待準噶爾部經(jīng)清朝批準派來的熬茶禮佛的使團，受到清朝的嘉獎。1747年頗羅鼐去世，其子珠爾墨特那木扎勒襲封郡王，總管全藏事務(wù)。然而他上臺后，專橫跋扈，結(jié)黨營私，殺害其駐守阿里的兄長，又與達賴喇嘛不和，敵視駐藏大臣，阻斷驛傳軍書，還設(shè)法和準噶爾部聯(lián)絡(luò)，爭取準噶爾部作外援。由于駐藏清軍大部分已在1733年撤回內(nèi)地，拉薩形勢非常危急。1751年駐藏大臣傅清、拉市敦搶先將珠爾墨特那木扎勒誘殺，他們自己被珠爾墨特那木扎勒的黨羽殺害，駐藏大臣衙署被焚毀，錢財被洗劫一空，史稱珠爾墨特那木扎勒之亂。事件發(fā)生后，七世達賴喇嘛即命公班智達代理政務(wù)，將殺害駐藏大臣的兇手捕獲，安定拉薩局勢，等待清朝派員進藏處理。清朝所派的四川總督策楞帶兵入藏后，經(jīng)過調(diào)查研究，提出了“酌定西藏善后章程”十三條，乾隆帝深刻地反省了過去珠爾默特那木扎勒之所以敢懷逆志謀反，就是因為西藏“地廣、兵強、事權(quán)專一”，“噶倫事務(wù)于事權(quán)極有關(guān)系”。所以清政府為一勞永逸之計，決定以此次平亂為契機，改革西藏地方政制，廢除郡王獨理專擅西藏政務(wù)的制度，規(guī)定由達賴喇嘛領(lǐng)導(dǎo)噶廈掌管西藏的政務(wù)，分權(quán)于一僧三俗的四位噶倫手中，這是僧人出任噶倫的開始。噶倫之間地位平等，遇事秉承駐藏大臣和達賴喇嘛的指示，共同處理地方各項事務(wù)，不得獨斷專行。同時由駐藏大臣監(jiān)督管理。還把原屬珠爾墨特那木扎勒管轄的藏北三十九族和達木（當(dāng)雄）蒙古劃歸駐藏大臣直接管理。

清朝在承德為六世班禪修建的須彌福壽廟

“清凈化城塔”局部

清朝乾隆帝為六世班禪在北京黃寺修建的“清凈化城塔”

七世達賴喇嘛掌政不久，在1757年圓寂，清朝派章嘉呼圖克圖進藏，主持尋訪達賴喇嘛轉(zhuǎn)世的事務(wù)，同時任命第穆活佛（丹吉林）為攝政，代理達賴喇嘛管理西藏事務(wù)。這是達賴喇嘛去世到新一輩達賴喇嘛掌政之間由清朝任命一名高僧代行達賴喇嘛職權(quán)的攝政制度的開始。經(jīng)六世班禪參與，認定了八世達賴喇嘛強白嘉措（1758—1804）。1777年第穆活佛去世，清朝派當(dāng)時在北京雍和宮任堪布的策墨林活佛（策墨林）進藏擔(dān)任攝政。這種由達賴喇嘛、駐藏大臣、攝政共同掌管政務(wù)的體制在這一時期建立起來。1779年清朝迎請六世班禪進京，1780年8月六世班禪抵達熱河，參加為乾隆皇帝祝賀七十大壽的活動，然后到北京。10月底六世班禪因病在北京黃寺圓寂。1784年八世達賴喇嘛親政，1786年團章嘉國師若必多吉去世，清朝召策墨林活佛回京，命濟嚨呼圖克圖協(xié)助達賴喇嘛辦理政務(wù)。

扎什倫布寺的“甲納拉康”

六世班禪在“甲納拉康”供奉祝頌“皇帝萬歲”的牌位

清朝乾隆帝賜給六世班禪的皇帝本人畫像

清帝賜八世達賴喇嘛的皇帝本人畫像

1788年發(fā)生了廓爾喀侵擾后藏的事件。歷史上的尼泊爾，是指分布在加德滿都谷地巴勒布人生活居住的陽市（即今加德滿都）、庫庫穆、葉楞三部，藏語稱之為巴勒布。1768年，本屬尼泊爾部落之一的廓爾喀人，乘巴勒布本國內(nèi)訌之機，吞并了巴勒布三部，并遷都陽布。后藏與廓爾喀地域緊密相連，彼此間以物易物或錢貨買賣，經(jīng)濟關(guān)系非常密切，不過雙方貿(mào)易中也不時發(fā)生一些小的摩擦和結(jié)怨。1788年廓爾喀以錢幣兌換問題和西藏地方“商稅增額、食鹽揉上”為借口，出動三千人馬搶占了后藏邊境的濟嚨、聶拉木、宗喀三處。乾隆皇帝命成都將軍鄂輝、四川提督成德帶兵火速馳援西藏剿辦，又命理藩院侍郎巴忠以御前侍衛(wèi)欽差大臣的官銜赴藏辦事，與鄂輝、成德會商一切善后事宜。在巴忠抵藏之前，后藏仲巴呼圖克圖等先與廓爾喀私下進行和議，答應(yīng)向廓爾喀賠款贖地。巴忠到拉薩后，一方面與鄂輝、成德會商，讓紅帽活佛徽諭廓爾喀投順，退回所占聶拉木等三處地方，并立具甘結(jié)，永不犯藏界；另一方面，他又自遣使者與廓爾喀講和。廓爾喀在得到一紙西藏每年向其賠款300個元寶的字據(jù)后，撤出了占領(lǐng)的后藏地方。巴忠等人隱瞞實情，向朝廷謊報“已將聶拉木、宗喀、濟嚨等地方次第收復(fù)”，“奏凱班師”，為廓爾喀第二次入侵西藏留下了禍根。1790年廓爾喀派人入藏討取“贖地”銀，達賴喇嘛和噶廈拒絕支付，遣使與之談判，要求“撤回合同”，遭到廓爾喀拒絕。事情報告到朝廷，乾隆皇帝才知道巴忠報告的功勞都是假的。鑒于西藏形勢危急，清朝派策墨林活佛再次進藏擔(dān)任攝政，他到拉薩后只有幾個月，就在1791年3月去世。清朝命八世濟嚨活佛（功德林）擔(dān)任攝政。1791年7月廓爾喀以西藏方面爽約為由，悍然發(fā)動了第二次侵擾西藏戰(zhàn)爭。在短短的十幾天內(nèi)迅速占領(lǐng)了聶拉木、定日、薩迦、濟嚨等宗。紅帽活佛為報復(fù)其兄仲巴呼圖克圖不分六世班禪的遺產(chǎn)給他的私怨（紅帽活佛是六世班禪和仲巴呼圖克圖的同母異父兄弟），竭力唆使廓爾喀兵搶劫扎什倫布寺。駐藏大臣保泰得悉事態(tài)，慌忙將七世班禪移往拉薩，幸免被俘。仲巴呼圖克圖攜大量金銀珠寶細軟逃跑。其余濟仲喇嘛、扎寺堪布并眾僧等，在占卜師宣稱“不可與賊作戰(zhàn)”的誆騙下四下逃散，廓爾喀軍洗劫了扎什倫布寺。只有駐守日喀則的都司徐南鵬率領(lǐng)的八十名清軍，堅守日喀則宗堡，與敵交戰(zhàn)，保住了城堡。消息傳來，清廷大為震動，巴忠自知罪責(zé)難逃，投湖自殺。乾隆皇帝決定派遣福康安為大將軍，超勇公海藍察為參贊大臣，率領(lǐng)滿、漢、蒙、回、達斡爾、鄂溫克、鄂倫春等數(shù)個民族組成的一萬七千余人的大軍，分三路進藏討伐。在西藏人民的支援下，1792年 5月，清軍收復(fù)全部失地，將廓爾喀軍驅(qū)除。7月，清軍勢如破竹，長驅(qū)直入廓爾喀境內(nèi)，打到距陽布二十里地方，廓爾喀派大頭人前來投降，放回了被抓去的噶倫丹津班珠爾等人，交出了從前“賄和”的合同和服毒自殺（有說因病身亡）的沙瑪爾巴骨殖及其妻子兒女仆人等，退還了所有搶去的扎什倫布寺的財物并班禪的金冊等。乾隆皇帝考慮到當(dāng)?shù)毓?jié)氣較早，天氣驟冷，若大雪封山，全體將士后果不堪設(shè)想，故指示?？蛋步邮芾獱柨Φ钠蚪捣A貼及恭詞請罪，令其簽寫“永不犯藏”之甘結(jié)，并定期納貢。廓爾喀王接受了全部條件，還派人赴京呈進貢品多種。9月，福康安率大軍自前線凱旋班師。

根據(jù)乾隆帝的指示，1792－1793年，大將軍福康安與孫士毅、惠齡、駐藏大臣和琳等經(jīng)過長期醞釀，擬訂了有關(guān)治理西藏各方面的章程，并報經(jīng)中央政府核準頒布實施，其中關(guān)于西藏地方政府遵行的部分，即著名的《欽定藏內(nèi)善后章程》二十九條（藏文本）。

清朝乾隆帝頒布的“欽定藏內(nèi)善后章程二十九條”文書

清朝批準西藏地方政府鑄造、流通的銀幣和銅幣

藏鈔

章程的要點是：1、行政人事權(quán)方面，規(guī)定駐藏大臣督辦藏內(nèi)事務(wù)，地位與達賴喇嘛、班禪平等。所有噶倫以下的首領(lǐng)及辦事人員、管事僧人皆是隸屬關(guān)系，事無大小，都得稟明服從駐藏大臣辦理。噶倫、代本的任免升遷，由駐藏大臣會同達賴喇嘛擬寫兩份名單，呈報大皇帝選擇任命。其余前藏大小文武官員由駐藏大臣和達賴喇嘛委任，發(fā)給滿、漢、藏三種文字執(zhí)照。后藏官員依照前藏之制，由駐藏大臣和班禪協(xié)商委任，發(fā)給執(zhí)照。2、宗教監(jiān)管理權(quán)方面。設(shè)置“金奔巴瓶”，嗣后達賴喇嘛、班禪及藏區(qū)各地呼圖克圖“靈童”的認定，須由駐藏大臣監(jiān)督主持，將其名字生辰年月，以滿、漢、藏三種文字書于象牙簽牌上，然后置于金瓶內(nèi)當(dāng)眾掣出，報請中央政府正式批準。藏地各大寺院活佛人選，由達賴喇嘛、駐藏大臣及呼圖克圖認定，并發(fā)給蓋有以上三人印章執(zhí)照。青海蒙古王公迎請西藏活佛，須由西寧大臣行文駐藏大臣發(fā)給通行護照。赴外地朝佛僧侶，亦需領(lǐng)取護照，始得通行。如若私自前往，一經(jīng)查出，懲處該管堪布及札薩等主管人員。達賴喇嘛所轄寺廟之活佛、喇嘛及全藏各呼圖克圖所屬寨落人戶，一律詳造名冊，于駐藏大臣衙門和達賴喇嘛處各存一份。3、軍事方面。設(shè)三千名正規(guī)軍隊，前后藏各駐一千名，江孜、定日各駐五百，兵員由全藏征調(diào)。所征兵員造冊兩份，各存駐藏大臣衙門及噶廈。代本、如本、甲本、定本由駐藏大臣并達賴喇嘛擇選年輕有為者充任，并發(fā)給執(zhí)照。駐藏大臣每年分春秋兩季出巡前后藏并檢閱軍隊。軍隊糧餉由地方政府籌辦，交駐藏大臣分春秋兩季發(fā)給。軍隊所需彈藥，由噶廈派人攜帶駐藏大臣衙門公文，赴工布地方制造下發(fā)。4、司法方面。對于一般案件的處理，“可以緣依舊規(guī)，但需分清罪行之大小輕重，秉公辦理”。處罰犯人、沒收財產(chǎn)等，必須登記，呈繳駐藏大臣衙門或報經(jīng)駐藏大臣審批，始能處理。各地漢官、噶倫和宗本等，如有依仗權(quán)勢，無端侵占別人財產(chǎn)，欺壓或剝削人民事情，即可報告駐藏大臣予以查究。5、外事方面。外事集權(quán)于中央，一切西藏外事交涉權(quán)，統(tǒng)歸駐藏大臣負責(zé)辦理。西藏地方與外國行文，須以駐藏大臣為主與達賴喇嘛協(xié)商處理。廓爾喀人往見，其回文須按駐藏大臣指示繕寫。邊境重大事務(wù)，更要根據(jù)駐藏大臣指示處理。外藩所獻貢物，給達賴喇嘛等人來文須呈駐藏大臣查閱，并代為酌定回書，交來人帶回。所有噶倫不得私自向外藩通信，當(dāng)外藩行文噶倫時，必須交駐藏大臣并達賴喇嘛審閱處理，不得私自回信。外國來藏商旅，必須登記、造具名冊呈報駐藏大臣衙門，按其路線簽發(fā)路證，并在江孜、定日兩地派兵駐扎，檢查路證。外人來拉薩者，須向邊境宗本呈報，經(jīng)沿途檢查，將人數(shù)報駐藏大臣衙門批準。西藏到廓爾喀塑建佛像的人，也由駐藏大臣簽發(fā)路證，限定日期返回。6、財稅方面。由駐藏大臣設(shè)置專門機構(gòu)鑄造銀幣，統(tǒng)一貨幣成色和折算比價，不允許西藏流通鄰國貨幣。西藏地方收支，統(tǒng)由駐藏大臣審核，每年春秋各上報朝廷一次。濟嚨、聶拉木兩地抽收大米、食鹽及各種物品之進口稅，依原例辦理。除非請示駐藏大臣同意，地方政府不得私自增加稅額。地方稅收、烏拉等各種差役平均負擔(dān)，實有勞績需要優(yōu)待免除差稅者，由達賴喇嘛并駐藏大臣協(xié)商發(fā)給免役執(zhí)照。

駐藏大臣升泰、第穆呼圖克為“曉諭銀錢流通事”發(fā)布的文告

駐藏大臣松筠為“普曉諭后藏百姓安居等事”發(fā)布的告示

清朝駐藏大臣的“令牌”

《欽定藏內(nèi)善后章程》是清朝中央政府總結(jié)元以來歷代王朝對西藏治理的經(jīng)驗，為行使對西藏的完全主權(quán)而制定的一個重要的法律文獻，它標志著清政府在西藏的施政達到了成熟和較完備的階段。它的制定和實施，對于加強和發(fā)展中央與西藏地方的關(guān)系，密切祖國各民族之間的聯(lián)系，鞏固西南邊防，防御外敵入侵，安定社會秩序，發(fā)展生產(chǎn)以及改善藏族人民的基本生活條件等，起到了良好的作用。

清朝駐藏辦事大臣衙門

清朝仿拉薩布達拉宮在承德修建的普陀宗乘廟

1795年乾隆皇帝退位，以太上皇的身份接受出家戒和比丘戒，命畫工畫了他身著袈裟的藏式唐卡，派專人送到拉薩。1798年八世達賴喇嘛在布達拉宮的三界殊勝寢殿（薩松南杰殿）內(nèi)專門建造佛龕供奉乾隆皇帝的僧裝畫像，像前還供有“當(dāng)今皇帝萬歲萬萬歲”的牌位，后來認定十世、十一世、十二世達賴喇嘛的金瓶掣簽儀式即是在這里舉行的。

清朝頒賜的“金本巴瓶”

1804年八世達賴喇嘛圓寂后，清朝命濟嚨活佛繼續(xù)攝政，1807年攝政及廣大僧俗向駐藏大臣請求，說尋訪到的在四川鄧柯地方出生的靈童確系“第八世達賴喇嘛轉(zhuǎn)世，請奏明皇上，免于金瓶掣簽”，經(jīng)駐藏大臣奏請，以皇帝批準免予金瓶掣簽的方式，認定了九世達賴喇嘛隆多嘉措（1805－1815），并于1808年在布達拉宮坐床。1811年攝政濟嚨活佛去世，清朝任命八世第穆活佛任攝政。1815年九世達賴喇嘛圓寂，年僅十歲。1818年攝政等人仍通過駐藏大臣轉(zhuǎn)奏，請求免予金瓶掣簽認定他們在里塘尋訪到的靈童為達賴喇嘛的轉(zhuǎn)世，被嘉慶皇帝駁回，駐藏大臣也因此受到申斥。按嘉慶皇帝的命令，另外再尋訪兩名靈童，與里塘的靈童一起，在1822年舉行金瓶掣簽，認定了里塘出生的靈童為十世達賴喇嘛楚臣嘉措（1816－1837），并舉行坐床典禮。因八世第穆活佛在1818年去世，清朝命出生于甘南在雍和宮任堪布的二世策墨林活佛出任攝政，所以此時的攝政是策墨林活佛。1830年，駐藏大臣興科會同十世達賴喇嘛和攝政，派噶倫夏扎等人為清查人員，對各個宗谿的戶口、差稅、封地文書、免役執(zhí)照等進行審核清查，編寫成清冊，呈報達賴喇嘛和駐藏大臣審批后，下發(fā)各宗谿遵照執(zhí)行。這是清代西藏規(guī)模最大、最徹底的一次土地差稅清查。1837年十世達賴喇嘛圓寂，由攝政策墨林活佛組織尋訪轉(zhuǎn)世靈童，并在1841年舉行金瓶掣簽認定了十一世達賴喇嘛凱珠嘉措（183—1855）。就在同一年，西藏軍民還擊敗了得到英國殖民主義者支持的森巴軍隊對阿里的入侵。當(dāng)時占據(jù)了拉達克地方的印度錫克族森巴人大頭目倭色爾帶兵侵占藏境，奪據(jù)達壩噶爾及雜仁、補仁三處營寨。駐藏大臣孟保先命噶倫才丹多吉和代本比喜領(lǐng)兵一千三百人往剿，后又派藏族官兵五百名兼程增援。翌年初，戰(zhàn)斗結(jié)果為擊斃包括倭色爾在內(nèi)的森巴軍官四十余人，殲滅敵兵二百余人，俘虜八百余人。拉達克頭人及部落酋長紛紛獻上兵器，達壩噶爾等地營寨及土地一千七百余里被收復(fù)，邊境肅清。這是繼反擊廓爾喀兩次入侵后，在駐藏大臣的主持下，取得的又一次軍事勝利。

清朝頒布的《欽定大清會典圖》